وردت عدة أقوالٍ عن فضل الصلاة في المسجد الأقصى، منها ما ضعّفه العلماء كالقول بأنّ صلاةً في المسجد الأقصى خيرٌ ممّا سواها بألف مرةٍ أو خمسمئة مرّةٍ، و ممّا صحّ سنده عن النبي -صلّى الله عليه وسلّم- قوله -عليه السلام-: (صلاةٌ في مسجدي هذا أفضلُ من أربعِ صلواتٍ فيهِ)أيّ في المسجد الأقصى المبارك، ممّا يدل على أنّ الصلاة في المسجد الأقصى تعدل مئتين وخمسين صلاةً فيما سواه من المساجد
تجلّى فضل المسجد الأقصى عمّا سواه من المساجد بمضاعفة أجر الصلاة فيه، وقد حاز مكانةً رفيعةً في الإسلام ظهرت في العديد من الخصال الأخرى له، فمن فضائل المسجد الأقصى يُذكر أنّه:
يعدّ الفتح العمري على يد عمر بن الخطّاب -رضي الله عنه- أهمّ الفتوحات في الإسلام، وقد وصل عمر -رضي الله عنه- بيت المقدس في السنة الخامسة عشرة للهجرة، وتسلّم مفاتيحها من البطريرك صفرنيوس، وأمر بتنظيف قبة الصخرة، وبناء مسجدٍ آخر على الجهة الجنوبية منها، كما نظّم شؤون مدينة بيت المقدس عموماً، وافتتح فيها الدواوين، وعيّن فيها عبادة بن الصامت قاضياً