كان الغرض من تأسيس معبد كوم امبو هو عبادة الإله سوبك، ولكن تمت العبادة بصورة مختلفة مع الإله حورس في نفس المعبد، وكان ينظر إلى الإله سوبك كإله للدنيا والآخرة، حيث أن التمساح كائن برمائي يغوص في أعماق المياه لفترة ثم يعود ثانية بالقرب من البر، وعبد الإله حورس في هذه المدينة كأنه صورة الشمس في الدنيا، فأصبح الإلهين يرمزان للدنيا والآخرة، وظلت عبادة هذين المعبودين منذ الدولة الحديثة وحتى العهد الروماني اليوناني.
معبد كوم امبو ليس معبدا واحداً بل معبدين اثنين ويوجد فيه قدسين للأقداس، يقسم المعبد لجزء خاص بالإله سوبك وهو في الجهة الشرقية من المعبد ناحية الصحراء، أما الجهة الغربية فهي خاصة بالإله حورس الكبير، فالداخل إلى المعبد يجد معبد الإله حورس على شماله والإله سوبك على يمينه.
أول من بدأ في تشييد معبد كوم امبو هو الملك بطليموس الخامس، وتم استكمال البناء في عهد الملك بطليموس السادس وحتى عهد الملك بطليموس الثامن، وأتم بناءه حتى صالة الأعمدة والتي تم إنجاز نقوشها في عهد الإمبراطور الروماني تيبوريوس،
ثم أضاف له الإمبراطور دومتيان بعض الإضافات وسجل اسمه فيه، واستمرت أعمال البناء في المعبد في عهد الأباطرة الرومان ماكرينوس وجيتا وكاركلا، واستغرق البناء ما يقرب من 385 عام.
بدأ المعبد بالصرح الذي يتقدم الفناء الخارجي ثم قاعة أعمدة خارجية، يليها قاعة أعمدة داخلية أصغر حجمًا، ويتم الوصول من خلالها إلى 3 أفنية متتالية تنتهي بالمقصورتين المكرستين للإلهين حورس وسوبك، و تحاط جميع المباني بدهليز كبير تنفتح منه سبع غرف ثانوية، التي استخدمت كغرف للتخزين.
وتشير بعض النصوص الأثرية إلى أن معبد كوم امبو قد تم بناءه على معبد آخر أقدم منه، ولكن لم ترد أية معلومات أخرى عن شكل هذا المعبد ولا بناءه ولا معبوده.
كان معبد كوم امبو من المعابد المهمة والكبيرة في مصر، كان له صرح وبوابة كبيرة جداً وصالة أعمدة كبيرة، وكان قدس الأقداس في الشمال، والبوابة تفتح ناحية الجنوب على حافة نهر النيل مباشرة، فبمرور الزمن حدث تآكل تدريجي لصرح المعبد بفعل الفيضان كل عام، إلى أن غرق الصرح بأكمله في نهر النيل، وفقدت كذلك جزءا صالة الأعمدة الأمامية والبوابة الكبيرة والسور المحيط بالمعبد، ثم تهدمت باقي صالة الأعمدة الأمامية بفعل ضرب زلزال لهذه المنطقة ثم أعيد رفع الأحجار وبناء صالة الأعمدة مرة أخرى.
كما تم إنقاذ جزء من بوابة المعبد والتي كانت ملقاة عند النهر وأعيد بناءها مرة أخرى، ولم تكن الكوارث الطبيعية هي الشيء الوحيد الذي هدد بقاء المعبد، بل كانت الكوارث البشرية أشد قسوة، حيث تم تفكيك الجزء الداخلي للمعبد بعد صالة الأعمدة الثانية والذي كان لازال محتفظاً بشكله وهيئته حينها وقاموا باستخدام أحجاره في تشييد مصنع السكر في عهد الخديوي سعيد، ثم تم ترميم المتبقي من المعبد بعد ذلك وفتحه للزيارة.
يوجد بالقرب من معبد كوم امبو ، ويوجد فيه عدد من التماسيح المحنطة التي تم العثور عليها بالقرب من معبد كوم امبو.
تبلغ رسوم الدخول عشرون جنيهاً مصرياً للفرد المصري وخمسة جنيهات فقط للطالب المصري، وللشخص الأجنبي مائة وأربعين جنيهاً مصرياً و سبعون جنيهاً مصرياً فقط لا غير للطالب الأجنبي، تشمل هذه الرسوم دخول متحف التماسيح.
يفتح معبد كوم امبو أبوابه للزائرين من الساعة السادسة صباحاً وحتى الساعة الثامنة مساءً طوال أيام الاسبوع.