يُعتبر كل من التعقيم والتنظيف من أهم العمليات في مختلف مصانع ومؤسسات الأغذية المتنوعة , ولكن معظم الأشخاص قد لا يجدون فرق بالمعنى الظاهر فعلياً بين كل من التعقيم والتنظيف ولكن من ناحية علم الغذاء وسلامة الغذاء , فإن كلاهما يحمل مصطلح مختلف , فيعبر التنظيف عن عملية إزالة الأتربة بشكل واضح من الأسطح بينما يساعد التعقيم على الحد من مسببات الأمراض ضمن مستويات آمنة مع بقاء وجودها ! ولكي تكون عملية التعقيم فعّالة فيجب أن تكون الأسطح خالية من الأتربة وجزيئات الطعام والتي لا يمكن للمطهرات والمعمقات المتنوعة أن تخترقها , لذلك يجب إزالتها قبل البدء بعملية التعقيم .