يقع مسجد القبلتين في الأطراف الغربية من المدينة المنورة في منطقة بني سلمى والموجود على هضاب تسمى بحرة الوبرة على الطريق الشمالي الغربي بإتجاه المدينة المنورة طريق خالد بن الوليد عند التقاطع مع طريق سلطانة وهي المركز التجاري للمدينة وعلى مقربة من شارع الملك عبدالله من الجهة الغربية، ويشتهر مسجد القبلتين بأن لونه أبيض ناصع، فيما يتعلق بمساحة المسجد تبلغ قرابة (3920) متراً مربعاً، ويعلو مسجد القبلتين قبتان، القبة الأولى بقطر (8) أمتار والقبة الثانية بقطر (7) أمتار، وارتفاع يصل إلى حوالي (17) متراً لكل قبة.
يعود سبب تسميته بمسجد القبلتين إلى أنه في عهد النبي عليه الصلاة والسلام كان هناك جماعة مسلمين يصلون بإتجاه المسجد الأقصى، فنادى بهم منادي على أنه تحول إتجاه القبلة من بيت المقدس وأصبحت القبلة إلى المسجد الحرام عن طريق نزول الوحي على الرسول عليه الصلاة والسلام وأخبره بهذا الأمر وذلك في قوله تعالى: (قَدْ نَرَى تَقَلُبَ وَجْهِكَ فِي السَمَاءِ فَلَنُوَلِيَنَكَ قِبْلَةً تَرْضَاهَا فَوَلِ وَجْهَكَ شَطْرَ الْمَسْجِدِ الْحَرَامِ وَحَيْثُ مَا كُنْتُمْ فَوَلُوا وُجُوهَكُمْ شَطْرَهُ وَإِنَ الَذِينَ أُوتُوا الْكِتَابَ لَيَعْلَمُونَ أَنَهُ الْحَقُ مِنْ رَبِهِمْ وَمَا اللَهُ بِغَافِلٍ عَمَا يَعْمَلُونَ) البقرة 144، وبعد ذلك عمل الصحابة بتحويل أجسادهم ووجوههم إلى المسجد الحرام في مكة.