الاثار الجانبية الفورية لحبوب منع الحمل هي: الانتفاخ, الغثيان، حساسية الثديين، تغيرات في المزاج. هذه الأعراض عادة ما تهدأ بعد بضعة أشهر. الاثار الجانبية الأخرى طويلة الأجل هي زيادة تخثر الدم مع زيادة خطر حدوث الانصمام الخثاري (على سبيل المثال - جلطات الدم في الأوردة العميقة في الساق، جلطة دم في شرايين الدماغ). هذه الظاهرة تحدث عند وجود عوامل خطر أخرى، وعادة ما تحدث فقط لدى النساء المدخنات فوق سن ال- 35.

كذلك حبوب منع الحمل قد ترفع ضغط الدم، ترفع نسبة الكوليسترول وتزيد قليلا من المقاومة للانسولين ومستوى السكر في الدم. بالنسبة للسرطان - على الرغم من المعلومات المربكه بعض الشيء، فان الدراسات الوبائية الكبيرة لم تظهر وجود صلة بين أخذ حبوب منع الحمل وتطور سرطان الثدي في المستقبل، من ناحية أخرى وجدت صلة بين أخذ حبوب منع الحمل وبين الزيادة الطفيفة في خطر الإصابة بسرطان عنق الرحم، ومع ذلك، أخذ حبوب منع الحمل يسبب في خفض نسبة خطر الاصابة بسرطان المبيض وسرطان الرحم.

بشكل عام لحبوب منع الحمل لا يوجد تأثير ضار على الصحة العامة, ونسبة الوفيات بين النساء اللاتي أخذن حبوب منع الحمل مقارنة مع النساء اللواتي لم يأخذنها – كانت متساوية، إلا في مجموعة النساء اللواتي يدخن أكثر من 15 سيجارة في اليوم ويأخذن حبوب منع الحمل، حيث كانت نسبة الوفيات مرتفعه نسبيا بالمقارنة مع أولئك اللاتي لم يأخذن حبوب منع الحمل.