قبل عملية قلع السن الطبيعية  أو الجراحية، يوصى المرضى المعرضون بشكل كبير لخطر الإصابة بأمراض في مجرى الدم أو في صمامات القلب (التهاب الشغاف endocarditis)، وخصوصا المرضى الذين تم تثبيط جهاز المناعة عندهم, الذين تم زرع قلب عندهم، المرضى ذوي عيوب خلقية في القلب، أو ذوي صمام القلب الاصطناعي بأخذ المضادات الحيوية.

 التهاب في صمامات القلب هو من المضاعفات النادرة نسبيا لعلاج الأسنان وجراحة الفم بشكل عام. السبب يكمن في أنه في عمل من هذا النوع يكون هناك تنظيف للسن من طبقة البكتيريا، والتي تجرف بأكثرها إلى تجويف الفم.

 خلال قلع السن, فان الضرر الموضعي لنسيج السن واللثة، يسبب في تبعثر البكتيريا.

يتم تحييد معظم البكتيريا في الجهاز الهضمي ولكن قد يتم انتقال القليل منها إلى مجرى الدم (لان تجويف الفم غني بالأوعية الدموية الصغيرة). وجود البكتيريا في مجرى الدم يسمى تجرثم الدم ((bacteremia، وعادة لا يسبب التلوث أو المرض.

في حالات نادرة، وخصوصا لدى الأشخاص المعرضين للخطر، فان البكتيريا التي تجرف إلى مجرى الدم تستقر على صمام القلب وتسبب في تكوين طبقة جراثيم جديدة، وتسبب التلوث. العلاج الوقائي يتضمن اخذ المضادات الحيوية عن طريق الفم لمرة واحدة.