في حين أن هناك فوائد كثير للبروتين إلا أنه يجب الأخذ بعين الاعتبار المخاطر حيث إن الزيادة في البروتين لها ارتباط بمخاوف صحية خاصة في حال اتباع نظام عالي بالبروتين, وفيما يلي عدة أضرار للبروتين:
إن تناول الغذاء الغني بالبروتين قد يعمل على خسارة الوزن ولكن لفترة قصيرة حيث إن الاستهلاك العالي للبروتين غالباً يُخزن على شكل دهون وهذا قد يؤدي إلى زيادة الوزن مع مرور الزمن.
يمكن أن يؤدي كثرة تناول البروتين إلى حصول رائحة فم كريهة خصوصاً إذا قام الشخص بالحد من تناول النشويات، ويمكن أن يكون ذلك جزئياً لأن الجسم يدخل في حالة أيضية تدعى فرط الكيتون(بالانجليزية:Ketosis) الذي يعد سبب في رائحة الفم غير المرغوب فيها, لذا يُنصح بشرب كمية من الماء وتنظيف الأسنان ومضغ العلكة لتقليل آثار رائحة الفم.
كثرة تناول البروتين مع الحد من تناول النشويات قد يؤدي إلى حدوث الإمساك بسبب قلة توافر الألياف في النظام الغذائي, لذا ينصح بتناول الأغذية الغنية بالألياف وشرب كميات كافية من الماء.
إنَّ تناول كميات كبيرة من منتجات الألبان مع نقص في الألياف من النظام الغذائي قد يؤدي لحدوث الإسهال خاصة لمن يعاني من حساسية اللاكتوز والأشخاص الذين يتناولون مصادر البروتين مثل: اللحوم المقلية والسمك والدواجن، لذا يُنصح بتناول كميات كافية من الألياف وشرب الماء والابتعاد عن تناول المنبهات.
يرتبط سرطان القولون والبروستاتا والثدي بكثرة تناول اللحوم، حيث أثبتت الدراسات أنَّ الأشخاص الذين لا يتناولون اللحوم يقل لديهم خطر الإصابة بالسرطان.
يؤدي كثرة تناول اللحوم الحمراء ومنتجات الألبان كاملة الدسم إلى زيادة خطر الإصابة بأمراض القلب وذلك لزيادة نسبة الدهون المشبعة و الكولسترول, كما أشارت دراسة في عام 2010م إلى ارتباط تناول كميات كبيرة من اللحوم الحمراء ومنتجات الألبان عالية الدسم إلى زيادة خطر الإصابة بمرض القلب التاجي لدى النساء (بالانجليزية:Coronary Heart Disease).
تحتوي منتجات البروتين عى النتروجين الذي على الكلى التخلص منه، فعند تناول كميات كبيرة من منتجات البروتين يمكن أن يؤثر على عمل الكلى، وقد أثبتت دراسة أُجريت في عام 2003 إلى أن الأشخاص الذين يعانون من مشاكل في الكلى قد تفاقمت المشكلة لديهم بعد تناول كميات كبيرة من البروتين خاصة بعد تناول اللحوم، ولم تحدث للأشخاص الذين يتمتعون بوظائف كلى سليمة من أي مشاكل حتى مع ارتفاع نسبة استهلاك البروتين.
قد لا يؤدي كثرة تناول البروتين إلى أضرار في العين ولكن كثرة تناول البروتين يؤدي إلى السمنة وهذا يؤدي إلى زيادة خطر الإصابة بمرض السكري من النوع الثاني وهي حالة قد تؤثر على صحة العين
إذا أراد الشخص اتباع نظام غذائي عالي بالبروتين يجب أن تكون الخيارات جيدة مثل تناول بروتين الصويا، والفول، والمكسرات، والأسماك، والدجاج منزوع الجلد، وتجنب اللحوم المصنعة، كما يجب الابتعاد عن النشويات المصنعة وتناول النشويات الغنية بالألياف والعناصر الغذائية كالحبوب الكاملة, والخضار والفاكهة.