استخدام المضادات الحيوية على نحو مفرط، أو استخدامها على نحو ناقص، أو سوء استخدامها يعتبر من العوامل التي تسهم بشدة في ظهور هذه المشاكل، بعض الأطباء والصيادلة للأسف يقومون بوصف مضادات عالية القوة مع أنّ العدوى المصاب بها المريض لا تستدعي هذه القوة، وهذا ليس في صالح المريض على المدى البعيد؛ لذلك يجب إعطاء المضادات الحيوية بتراكيز ملائمة للعدوى، من الأمثلة على سوء استخدام المضادات الحيوية: