شهدت المنطقة الشرقية - كغيرها من مناطق شبه الجزيرة العربية - انتشار المستوطنات الحجرية وازدهارها، وبخاصة على أطراف الربع الخالي، إذ أظهرت المسوح الآثارية تمثيلاً لمختلف العصور الحجرية القديمة والحديثة  ،  وساعدت العوامل غير البيئية على عدم استقرار المستوطنات لفترات زمنية طويلة في سبيل البحث عن مناطق أفضل، أو بسبب موجات الجفاف، وأفضل المواقع التي تؤرخ للاستيطان البشري خلال العصور الحجرية هي المواقع المكتشفة في قطر التي تنتشر مثيلاتها في المنطقة الشرقية، والبحرين، ومعظم مناطق شبه الجزيرة العربية، حيث استخدم السكان طرقًا متشابهة في صناعة الأدوات الصوانية، مثل: الأدوات المكتشفة في مواقع الخور، ودخان، ورأس عوينة، وقد تم اعتماد أساليب الطرق، ونوع الأدوات المستخدمة معيارًا لمقارنة التطور الزمني لهذه المستوطنات بمواقع العصور الحجرية في المنطقة الشرقية ووجد تشابه كبير في الأدوات وطرق الصناعة مع مواقع عين قناص،  وعين السيح، وواحة يبرين  

 

وتتضح معالم الاستيطان في المنطقة الشرقية بشكل أكبر خلال فترة العصر الحجري الحديث 9000 - 3500 ق.م من خلال رصد آلاف المواقع المنتشرة على طول الساحل أو المناطق الداخلية وحتى في الربع الخالي، ومن أشهر المواقع: عين قناص، والدوسرية، وأبو خميس، وواحة يبرين  

 

وتتميز مواقع العصر الحجري الحديث في المنطقة الشرقية بضخامة حجمها وطول الفترة الاستيطانية، ما يشير إلى تقلص الموارد الطبيعية في المنطقة، كما تتميز بنشاط أكبر في مجال الصلات التجارية بين سكان المستوطنات والمناطق المجاورة