شهد شهر يونيو عام 1941م بداية حلقة مظلمة في تاريخ ليتوانيا في خضم الحرب العالمية الثانية ، وأثناء احتلال ألمانيا النازية للبلاد ، ففي 23 يونيو بدأت عمليات ذبح جميع السكان اليهود فيليتوانيا ، بعد أن عاشوا بها مئات السنين وأنشئوا في عاصمتها مركزًا للحياة الثقافية استمر قرابة المائة وخمسون عام .

كانت نسبة اليهود قد وصلت إلى حوالي 7% من سكان البلاد ، ومع تدفق اللاجئين خاصة من بولندا المحتلة ارتفع هذا الرقم إلى حوالي 10% بحلول عام 1941م ، ففي عام 1940 تم احتلال ليتوانيا منقبل القوات السوفيتية واعتبارها جمهورية تأسيسية للإتحاد السوفيتي، وبعدها بعامٍ واحد غزت ألمانيا الإتحاد السوفيتي واجتاحت ليتوانيا .

كان الناس في ليتوانيا يأملون في الخلاص من غزو السوفيت من خلال التحالف مع ألمانيا لاستعادة استقلال ليتوانيا ، وكما هو الحال في جميع البلدان المحتلة ساعد المتعاونون من ليتوانيا الاحتلال النازي ، ومثل العديد من الأماكن الأوروبية كانت هناك سلالة معادية للسامية موجودة في الثقافة ، حيث أن الكثير من الليتوانيون كانوا يشنون عنفًا عصبيًا ضد اليهود حتى قبل الاحتلال النازي لهم .

فعندما بدأت ألمانيا في قتل اليهود الليتواني ونشر المذابح بصورة كبيرة في أواخر يونيو ، كان الليتوانيون الآخرون مستعدون لمساعدتهم وتحريضهم على إبادة اليهود ، كانت المذبحة الأولى هي مذبحة غارغداي بالقرب من الحدود الألمانية ، وقد قتل فيها حوالي 800 يهودي بين يومي23 و24يونيو .

وفي واحدة من أكبر المذابح التي حدثت بليتوانيا قتل أكثر من 70 ألف شخص في البانيري خارجالعاصمة فيلنيوس ، وهكذا تم القضاء على معظم الجاليات اليهودية في المناطق الريفية بليتوانيا في أكتوبر عام 1941م ، كما تم اعتقال وذبح جميع السكان اليهود في بلدات مثل إيشيشوك وراكيشوك.

وبحلول نهاية العام ظل حوالي 40 ألف يهودي من أصل من 250 ألف يهودي فقط على قيد الحياةبعد ذبح الألمان لهم بمساعدة بعض الليتوانيين المعادين للسامية ، وقد تمركزوا في الأحياء اليهودية كفيلنيوس وكاوناس والعديد من المدن الأخرى حتى تم ترحيلهم في نهاية المطاف إلى معسكرات الاعتقال .