توجد كلّ أعضاء الجهاز الهضمي في التجويف البطني ما عدا الفم والمريء؛ فالمعدة تقع في أعلى التجويف البطني تحت الحجاب الحاجز مباشرةً، وهي عضو عضلي أجوف ينتهي بالجزء العلوي من الأمعاء الدقيقة ويعرف بالاثني عشر، وفي داخل القوس الذي يكون به الاثني عشر يقع البنكرياس الذي يتّصل بالاثني عشر عن طريق قناة دقيقة.
تعتبر أمراض الجهاز الهضمي من الأمراض الشائعة لمعظم دول العالم، وتعتبر أمراض المعدة والاثني عشر من أشهر تلك الأمراض حيث كانت في معظم الوقت ترتبط بعادات الأكل السيئة، والضغط العصبي بسبب تسارع وتيرة الحياة.
جرثومة المعدة: تُسمّى بالميكروب الحلزوني للمعدة، وهي بكتيريا ليست طفيليات، ولا فيروسات، لها شكل حلزوني وتعيش في العديد من الحيوانات في الكبد لكنها في الإنسان تعيش بالتحديد في المعدة. الأبحاث الحديثة اثبتت وجود جرثومة تصيب الجدار المخاطي للمعدة والاثني عشر، وهذه الجرثومة هي السبب الرئيسي للالتهابات، والقرحة المعدية، وقرحة الاثني عشر، كما أنّها من مُسبّبات سرطان المعدة.
عام 1982 كان هناك عالمين أستراليين قاما بإجراء دراسات وأبحاث حول هذه الجرثومة لمعرفة أسبابها وطريقة علاجها. هذه الجرثومة تصيب أكثر من خمسين بالمئة من سكان العالم وخصوصاً في الدول النامية، وهي سريعة جداً تنتقل بسرعة بسبب وجود أهداب تساعده على ذلك؛ حيث يفرز مواد لاصقة تلتصق بالخلية ولا يزول منها حتى لو ماتت الخلية وتجددت من جديد.
يعيش هذا الميكروب في وسط حمضي عن طريق استشعار الحمض ويسبح بعيداً عنه، يفرز إنزيم يحوّل اليوريا الموجودة في المعدة إلى أمونيا؛ حيث يُشكّل لنفسه وسطاً قلويّاً ليحمي نفسه من التحلل داخل الوسط الحمضي، تقوم هذه الجرثومة عند تخللها جدار المعدة بإفراز سائل حامضي غير السائل الحامضي المعتاد في المعدة بشدته، وسميته، فيقوم بإحداث التهابات حادة في جدار المعدة، كما يعمل على إيجاد أورام سرطانية كثيرة في الحالات المتقدمة.
تنتقل جرثومة المعدة من شخص إلى آخر بسبب قلّة النظافة الشخصية، وملامسة المريض حامل المرض واستخدام أدواته، وأغراضه الشخصيّة، أي تنتقل عن طريق العدوى من الشخص المصاب الى الشخص السليم عن طريق:
يتمّ تشخيص جرثومة المعدة عن طريق عمل منظار للمعدة، أو عن طريق عيّنة من براز المريض فتكشف وجود الميكروب، ويعالج المريض عن طريق أخذ كورس علاجي قد يكون طويلاً يمتد لسنوات.