يتم مراقبة التنوع الحيوي النباتي والحيواني في المحميات وما حولها ضمن برامج الجمعية الملكية لحماية الطبيعة وكالآتي:داخل المحميات: هناك نوعين من الدراسات، الأولى الدراسات الأساسية والتي تتم في بداية تأسيس المحمية وتعنى بجميع الأنواع وغالبا النباتات، والمفترسات، والطيور، والقوارض، والحشرات، وأسماك المياه العذبة (حسب الموقع)، والزواحف وكلها المجموعات الأساسية إلا إذا كان هناك أنواع متميزة خارج هذه المجموعات. وتحدث هذ الدراسة مرة كل خمس سنوات على الأقل.بعد الدراسات الأولية، تحدد الأنواع الدالة على مؤشر السلامة للتنوع الحيوي، كأن تكون مرتبطة بالنظام البيئي فإما مجموعات وإما نوع بعينه، مثلا في النباتات، هناك دراسات مراقبة باستمرار للأنواع النادرة مثل الأوركيدات، أو السوسن، أو التركيبة الشجرية للغابات، وفي الحيوانات، دراسات على البدن مثلا في محمية الموجب وضانا، وعلى الدلق الصخري في محمية دبين، وكذلك السنجاب الفارسي، وكلها أنواع مؤشرة تدلل على صحة أو ضعف النظام البيئي. توضع لهذه البرامج مؤشرات واضحة للقياس، كالتركيبة العمرية، والكثافة، والوفرة النسبية، ونسبة الذكور إلى الإناث وغيرها من المعايير، التي يبنى عليها برامج المراقبة. وتتم متابعة هذه المتغيرات وتحديثها دوريا إما كل سنة، أو سنتين، أو ثلاث حسب الحالة.وبناء على نتائج تلك الدراسات، تراجع خطط إدارة المحميات لتوفير الإدارة الأفضل لهذه الموائل والأنواع بناء على توصيات الدراسات، ثم تعود عملية المراقبة وتحديث البيانات وهكذا.أما خارج المحميات، فإن العمل منصب على الحماية والمشاهدات الواردة من المفتشين، والتي عليها يتم عمل المراقبة الدورية، وكذلك بالتعاون مع الجامعات الأدرنية أو غيرها يتم مشاركة الباحثين بأعمالهم ضمن الترتيب المسبق مع الجمعية وتزويدنا بالنتائج لتكون ضمن قاعدة البيانات الخاصة بالدراسات والأبحاث.