بالرغم من فوائد الخل الا ان الاستعمال المفرط والخاطئ للخل يحدث اضرار كبيرة على صحة الجسم، فكثير ما نستعمله لاغراض طبية، ومنزلية، وتجميلية ايضا، ولاغراض الطهي والمطبخ اكيد، وتتمثل اضرارة فيما يلي: 

- يقوم بتدمير مينا الاسنان 

- يتفاعل خل تفاح مع بعض الادوية، كادوية مرضى السكري 

- يؤثر على المعدة ويؤدي إلى حدوث تقرحات والتهابات عديدة في المعدة.- احدى الأضرار المزمنة التي يسببها تناول خل التفاح مرض البواسير.-الإصابة بتهيجات قوية ومؤلمة في القولون.- الاصابة بتقرحات وآلام في المريء.- الإصابة بارتداد في المعدة وعودة الطعام المتناول نحو المريء مما يؤدي إلى حدوث حموضة عالية في المريء ينتج عنها الام.-الإصابة بقرحة في الاثني عشر.- إحداث إسمرار في الجلد اذا وضع مباشرة على البشرة مع حدوث بعض التشققات.- يسبب حروق في الجلد ويصبح مظهره مكوي وكثير التجعد.- يعمل على ترك بقع وحفر صغيرة في مواضع الحبوب في حال تم الاستخدام لازالة حب الشباب.- يتسبب في ظهور تقرحات في الفم ويؤثر على الأسنان ويضعفها.- الإصابة بفشل كلوي فهو يؤثر سلبا على صحة الكلى.