لا أضرار لبذور البطيخ سوى أنها تعتبر مصدر عالي السعرات الحرارية , والإفراط في تناولها يؤدي إلى زيادة الوزن والتعرض للسمنة , والجدير بالذكر أن فوائدها متعددة وتعتبر مصدر غذائي متميز , بحيث تحتوي العديد من المعادن المغذية مثل الحديد , والمغنيسيوم ,والفولات , وتحتوي على الدهون الجيدة والصحية للجسم ,والتي جميعها تلعب دور حيوي ,فمثلاً وجود الحديد يمنع التعرض لفقر الدم , والمغنيسيوم يلعب دور وظيفي في صحة العضلات والقلب والأعصاب , ويعد الفولات مهم جداً لتعزيز صحة الجسم خصوصاً أثناء فترة الحمل مما يمنع ظهور التشوهات الخلقية , كما تعتبر الدهون الصحية مفيدة للجسم لتجنب التعرض لأمراض القلب والشرايين .