قد يسبب الأميكاسين بعض الآثار غير المرغوب فيها، على الرغم من أنه قد لا تحدث جميع هذه الآثار الجانبية، إلا أنها من الممكن أن تحدث، وفي حال حدثت هذه الأعراض فقد يحتاج المريض إلى رعاية طبية، يزداد الخطر عند تناول أميكاسين إذا كان المريض أكبر سناً، أو يعاني بالفعل من أمراض الكلى، أو إذا كان يعاني من الجفاف، لذلك يجب تجنب الأدوية الأخرى التي قد تزيد من الآثار الجانبية الخطيرة إذا تم تناولها مع الأميكاسين.
وتشمل أعراض أو الآثار الجانبية لتناول الأميكاسين: