للتسويق الالكتروني مشكلتين اساسيتين اولهما مشكلة السرية و الخصوصية فكما نعلم جميعا ان التسويق الالكتروني قد يحتاج في بعض الاوقات الى الحصول على معلومات العميل كاملة مثل الاسم الكامل والعنوان التفصيلي و معلومات بطاقة الائتمان مما يجعل العميل يتراجع خطوة الى الوراء خوفا من سرقة المعلومات او عدم ضمان اتمام عملية الدفع بشكل صحيح. اما المشكلة الثانية فهي عدم اكتمال القوانين والتشريعات التي تخص التسويق الالكتروني فلا زالت التشريعات ناقصة بحيث انها لا تحمي البائع او المشتري بشكل كامل, مما يجعل الشخص يعيد حساباته و يتراجع في القرارات التي تخص هذا الموضوع.