تنتج مشكلة نقص المياه في البيئة الصحراوية عن قلة الأمطار في تلك المناطق, وتتفاقم المشكلة بسبب عدم وجود مياه جوفية في تلك المناطق, وينتج عن نقص المياه في تلك البيئة الصحراوية عدم وجود محاصيل زراعية, واعتماد سكان تلك المناطق على الرعي, وذلك انه لا ينمو في تلك البيئة سوى الصبار ونباتات صحراوية اخرى تستطيع تحمل قلة المياه, غير ان بعض المناطق الصحراوية مثل صحراء جنوب الأردن تحتوي على مخزون كبير من المياه الجوفية, والتي تم الحصول عليها من خلال حفر الآبار, ولهذا تم زراعة العديد من المحاصيل الزراعية لتغطية احتياجات السوق المحلي وللتصدير., .