الشفة الأرنبية كحالة ، هي لا تسبب أي مشكلة مرضية للإنسان ، و لكن المشكلة في المضاعفات التي قد تحدث إن لم تُغلق هذه الشفة و لم تصلح ، فالمشاكل عبارة عن مشاكل وظيفية كصعوبة في المضغ و صعوبة في البلع و صعوبة في التنفس ، لأنه يكون مجرى التنفس الأنف مفتوح لأن الشفة الأرنبية في غالبية الحالات مربوطة بشق في سقف الحلق ، فهذه تسبب مشاكل وظيفية في التنفس و البلع و حتى في الصوت و التكلم ، لأنهم لا يكونوا معزولين عن بعضهم البعض ، فالفم مفتوح على الأنف ، و أيضاً مشاكل جمالية في المظهر و خاصة عند الأطفال ، فقد تسبب لهم مشاكل نفسية في بداية سنواتهم في المدرسة أو الروضة ، فقد يصبح الطفل انطوائي و يرفض الذهاب للمدرسة أو الخروج من المنزل.

فتؤثر بشكل كبير على الشكل و الوظيفة و الدور النفسي و بالاخص عند الأطفال.