على الرّغم من شيوع استخدام حميات الكيتو العالية بالدّهون والقليلة بالكربوهيدرات، إلّا أنّها في الحقيقة تُعدّ ضارّةً للجسم؛ إذ إنّها تؤدي إلى خسارة الكتلة العضليّة للشخص حتى لو كان يُداوم على ممارسة رياضات القوة، وذلك لأنّ البروتين وحده أقلّ فعاليةً في بناء العضلات من البروتين في وجود الكربوهيدرات معه عند تناولهما معاً بعد التمارين، وبالإضافة إلى ذلك فقد لوحظ في إحدى الدراسات أنّ الأشخاص الذين اتّبعوا حمياتٍ غذائيةً أخرى خسروا الوزن وكمّيّة الدّهون ذاتها التي خسرها الأشخاص الذين اتّبعوا حمية الكيتو خلال 3 أشهر، إلّا أنّ الذين اتّبعوا حمية الكيتو خسروا من كتلة العضلات في سيقانهم بشكل أكبر. ويجب الانتباه إلى أنّ خسارة الكتلة العضليّة لها آثار سلبيةٌ وخطيرةٌ على المدى الطويل مع التقدّم في العمر.
إنّ حميات الكيتو تقلل من كميات الكربوهيدرات المستهلكة بشكلٍ كبير، وبذلك فإنّها تعزز عمليّات حرق الدهون التي تسبّب فرط كيتونات الجسم (بالإنجليزية: Ketosis)، والتي تجبر الخلايا على أخذ طاقتها من الكيتونات بدلاً من الجلوكوز. وعند ارتفاع مستويات الكيتونات في الجسم فإنّها تتسبّب بزيادة حامضيّة الدم باعتبارها مادّةً حمضيّةً، ممّا يسبّب حالةً تسمّى الحماض الكيتوني السكّري (بالإنجليزية: Ketoacidosis)، وهي حالةٌ خطيرةٌ وقد تكون قاتلة.
على الرغم من أنّ اتباع حميات الكيتو تسبب خسارةً سريعةً في الوزن، إلّا أنّ الوزن الذي يخسره الشخص من المرجح أن يعود سريعاً أيضاً، كما تجدر الإشارة إلى أنّ الوزن الكبير الذي يخسره الشخص في بداية هذه الحمية غالباً ما يكون ناجماً عن خسارة كتلة الماء فقط، كما أنّه يُشعِر صاحبه بالتعب الشّديد نتيجة فقدانه للكتلة العضليّة، ويهدّد القلب باعتباره عضلةً أيضاً، وبالإضافة إلى ذلك فإنّه يُدخل الشخص في حالٍة من الجوع الدّائم، ممّا يجعل الأمر أصعب خصوصاً بعد انتهائه من الحمية ويعود بعدها إلى الوزن السّابق. ولتلك الأسباب يجب عدم استعماله إلّا تحت إشراف أخصائيين فقط.
إنّ تكوّن حصى الكلى يُعدّ من أكثر أعراض حميات الكيتو الظاهرة، إذ إنّ الإكثار من اللحوم والبروتينات يزيد مستويات الحموضة في البول، ويرفع مستويات الكالسيوم وحمض اليوريك فيه، وقد يزيد وجودهما معاً من خطر تشكّل حصوات الكلى، وبالإضافة إلى ذلك فإنّ حمض اليوريك يُعدّ مُسبّباً رئيسيّاً للنقرس.