تعدّ مراقبة السجلات الطبية من الركائز الأساسية في أي مستشفى، حيث يوجد داخل كل مستشفى ما يسمّى بالرقابة، ويُعد الهيكل التنظيمي من الركائز الأساسية لنظام الرقابة. وتعددت مفاهيم الرقابة، حيث تتبنّى بعض المؤسسات مجموعة من الإجراءات والأساليب لتحقيقها، ويوجد ما يسمى بالرقابة الداخلية والرقابة الخارجية. حيث يمكن تعريف الرقابة الداخلية بما يلي.
هي خطة تضعها إدارة المؤسسة، وتقوم باتباعها من أجل تحقيق أهداف المؤسسة وتنظيمها باتباع أساليب وإجراءات وتحقيق درجة من الكفاءة وتقييم العمليات والضوابط الخاصة بالمؤسسة والرقابة على قسم المالية المتعلق بقسم المحاسبة في المؤسسة. الهدف الأساسي من الرقابة الداخلية، تأدية المهام والواجبات المطلوبة بشكل فعال من خلال كتابة التقارير بشكل صحيح.
ولأهمية السجل الطبي من النواحي الطبية والإدارية والقانونية، ل ابد من وجود نظام فعّال للرقابة والسيطرة على حركة السجل الطبي من وإلى قسم السجلات الطبية. ووجود خلل في هذا النظام قد ينتج عنه فقدان بعض السجلات أو عدم إعادتها إلى القسم بالوقت اللازم، حيث يفقد السجل الطبي الهدف الذي أنشأ من أجله ويعمل على تقليل ثقة الأطباء والمرضى بقسم السجلات الطبية. وحتى تحقق الرقابة الفعالة على السجلات الطبية، فإنه يجب أن يقوم قسم السجلات الطبية بوضع سياسة واضحة ومكتوبة تحدد وتنظّم حركة السجلات الطبية داخل المستشفى، ولكي تقوم جميع الأقسام والأشخاص بالالتزام واحترام تلك السياسة وتطبيقها، ويجب أن تقوم إدارة المستشفى باعتمادها والتأكد من سلامة تنفيذها.