تحدث نسبة كبيرة من حالات الإجهاض نتيجة الاضطرابات الجينيّة، حيث ارتبطت أكثر من 50% من حالات الإجهاض في وقت مبكر مع تشوهات الكروموسومات (بالإنجليزية: Chromosomal abnormalities)، كما يُعدّ الإجهاض أحد أكثر مضاعفات الحمل شيوعاً، حيث يؤثر في أكثر من 30% من حالات الحمل، وتجدر الإشارة إلى إمكانيّة إجراء بعض التحاليل قبل الولادة للكشف عن خطر حدوث الإجهاض نتيجة الاضطرابات الجينيّة، خصوصاً في حال إجراء عمليّة التلقيح الصناعيّ (بالإنجليزية: In vitro fertilization).
يمكن للعوامل البيئية أن تزيد من خطر الإجهاض، مثل التعرض للأشعة السينية، وبعض المواد الكيميائية، والأدوية، والسُمنة المفرطة، بالإضافة إلى تناول الكحول، وتناول كميّات كبيرة من الكافيين، والتدخين، وبعض العوامل المتعلّقة ببيئة العمل.
يمكن لتشوهات الرحم الخلقية أن يكون لها أثراً في حدوث الإجهاض عند المرأة الحامل، مثل ازدواجية الرحم (بالإنجليزية: Double uterus)، كما يمكن للأورام الليفية، والسلائل الرحميّة (بالإنجليزية: Polyps) التي قد تنمو داخل الرحم أن تسبّب بعض المشاكل التي تؤدي إلى الإجهاض، وتجدر الإشارة إلى إمكانيّة علاج العديد من هذه المشاكل الصحيّة قبل الحمل عن طريق الجراحة، ومن الجدير بالذكر أيضاً أن حوالي 15% من جميع حالات الإجهاض المتكررة سببها المشاكل الهيكيلية في الرحم.
هناك العديد من الأسباب الأخرى التي قد تؤدي إلى الإجهاض المتكرر، نذكر منها ما يأتي: