في عام 544 هجري/1194 ميلادي قرر الخلفية الحافظ لدين الله زيادة مساحة الأورقة، فأضاف في الصحن رواقاً من الجهات الأربع، وأقام على رأس المجاز قبة لا تزال قائمة حتى الآن، وقد جملت جوانبها وقبتها بالنقوش والكتابات الكوفية والمقرنصات، كما أضاف الآمر بأحكام الله مقصورة تجاور الباب الغربي تسمىّ مقصورة فاطمة.
عطل عمل الأزهر في العهد الأيوبي، حتى أعاد إليه السلطان الظاهر بيبرس البندقداري الخطبة، ولم يتم الاعتناء بالجامع إلا عهد الأمير عز الدين إيدمر الذي رمم وأصلح ما تصدع منه.
أما في العصر المملوكي فقد أعيد للأزهر رونقه وبهاؤه، فبالإضافة لتجديدات بيبرس الموجودة في المحراب القديم والكسوة الخشبية بالطاقية في المحراب، جدد الجامع الأزهر في عام 702 هجري بسبب زلزال شديد أصاب مصر وأثّر في الجامع، وقد جدده الأمير سلار وفي عام 719 هجري/1319 ميلادي أنشأ نقيب الجيوش المصرية في عهد الناصر ابن قلاوون الأمير علاء الدين طيبرس المدرسة الطيبرسية لتدريس الفقه الشافعي، وقد أبدع في بنائها وتزيينها.
وفي عهد الناصر محمد بن قلاوون أنشئت المدرسة الأقبغاوية عام 725 هجري/1324 ميلادي، وفي سنة 800 هجري أضاف السلطان الظاهر برقوق مئذنة طويلة وهدم المئذنة القديمة للمسجد، وقد تهدمت هذه المئذنة وبني مكانها أخرى من الحجر عام 818 هجري.
وفي عهد السلطان قايتباي عام 873 هجري/1319 ميلادي هدم الباب الغربي القديم للجامع وبني آخر مكانه لا يزال موجوداً حتى الآن، وفي عام 544 هجري أضاف السلطان قنصورة الغوري مئذنة جديدة ذات رأسين.
وفي العصر العثماني وتحديداً في عهد عبد الرحمن كتخدا زادت مساحة الجامع الأزهر، وزيدت الأورقة خلف المحراب، كما اشتملت على خمسين عموداً مسقوفة بالخشب، بالإضافة لمحراب من الرخام ومنبر من الخشب وباب ضخم يعرف الآن بباب الصعايدة، وبني أعلاه حجرة على أعمدة رخامية معقودة، بالإضافة لتجديد واجهة المدرسة الطيبرسية وإقامة باب المزينين.
العربية
