يهدف هذا المركز إلى تنفيذ الإجراءات الوقائية والعلاجية المطلوبة حسب تعليمات وزارة الصحة المبلغة، والعمل في موسم الحج والعمرة بتنفيذ الإجراءات الوقائية، وتقديم الخدمات العلاجية والإسعافية للمعتمرين والحجاج في مدينة الحجاج بالمنفذ. ويعمل المركز بشكل موسمي خلال شهري شعبان ورمضان لخدمة المعتمرين وخلال فترة الحج من 15 / 11 إلى 8 / 12 ومن 12 / 12 إلى نهاية شهر ذي الحجة من كل عام، فيما يعمل بصفة مستمرة طوال العام في صالة القدوم بالمنفذ. وأقسام مركز المراقبة الصحية هي: الاستقبال، والمراقب الصحي والتطعيم، وقسم تنويم النساء، ومكتب الرئيس المناوب، وعيادة الطبيب، والصيدلية، وقسم تنويم الرجال، ومكتب المشرف، ونقطة مراقبة الأدوية بصالة الجمارك. كما توجد في المركز سيارتا إسعاف، ويتوافر أطباء اختصاصيون في مركز حالة عمار الصحي لمعالجة أي حالة طارئة تحدث في موسمي الحج والعمرة، وكذلك في المراكز الصحية الواقعة على الطريق الذي يسلكه الحجاج. ويوضح (شكل 3) جانبًا من نشاط المركز خلال الفترة بين عامي 1421 و 1424هـ / 2000 و 2003م حسب تقرير المديرية العامة للشؤون الصحية بمنطقة تبوك.