تُوفي عثمان بن مظعون -رضي الله عنه وأرضاه- في السنة الثانية للهجرة،وقيل في السنة الثالثة،وكان أوَّل من مات من المهاجرين في المدينة المنورة وأوَّل من دُفِن في البقيع، وحزن عليه رسول الله -صلى الله عليه وسلم- حزنًا شديدًا وبكى عليه وانكبَّ على جبينه يقبّله وقال: رحمك الله يا أبا السائبِ خرجتَ من الدنيا وما أصبتَ منها، ولا أصابتْ منك، وكان رسول الله كثيرًا ما يذكره حتى أنَّه عندما ودَّع ابنته رقية عند وفاتها قال: الحقي بسلفنا الخير، عثمان بن مظعون.