في العصور القديمة كانت البحيرة أكبر بكثير مما هي عليه الآن، حيث كانت تمتد إلى الجنوب والغرب وتحتل حوالي 700 كم، ولم يكن لها منفذ يربطها بالبحر الأبيض المتوسط، حيث كان يتم تغذيتها بمياه النيل عبر عدد من القنوات.
وبحلول القرن الثاني عشر، كانت البحيرة قد تضاءلت إلى مجموعة من البحيرات والشقوق المالحة، وقد جفت في أواخر العصور الوسطى؛ فمنذ ما لا يقل عن 250 عامًا، كانت البحيرة بها مياه عذبة، وفي عام 1770م ضربت عاصفة منطقة أبو قير ، وخلقت بحيرة معروفة باسم بحيرة أبو قير.
حيث تم الاحتفاظ بالمياه المالحة منفصلة عن بحيرة مريوط، عن طريق القناة التي سمحت للمياه العذبة بالسفر من النيل إلى الإسكندرية.
وأيضًا قام البريطانيون أثناء الاحتلال بتقطيع القناة، فقد كان هذا جزءًا من حصار الإسكندرية في 13 مارس 1801م، مما سمح بتدفق كبير من مياه البحر من بحيرة أبو قير إلى بحيرة مريوط
وعندما فتح البريطانيون البحيرة على البحر في زمن نابليون، تسبب ذلك في فيضان دمر 150 قرية، ثم قام البريطانيون بتقطيع السدود في عام 1801م؛ لإعادة تعبئة بحيرة مريوط
فاستعادت فجأة حالتها القديمة، وأصبحت مليئة بالمياه المالحة بدلاً من العذبة السابقة، وكانت البحيرة ضحلة جدًا للتنقل.
وعندما تم فقد الطريق المائي عبر القناة الذي يصل الإسكندرية بالنيل، استلزم فتح قناة المحمودية من الإسكندرية إلى النيل في عام 1820م .
يمكنك الإقامة على بعد 4 كيلو متر من البحيرة بفندق الإسكندر الأكبر.
يمكنك تجربة مطعم فيش أيلاند، وهو بالتحديد بطريق مطار برج العرب 2 على بحيرة مريوط، وهو مطعم لهواة السمك ويعتبر مكان مميز بوجباته الطازجة وأسعاره المعقولة